Im Jahre 1534 eröffnete die Stadt Rostock im Dominikanerkloster die „Große Stadtschule“. Die Lateinschule sollte ihren Schülern vor allem Wissen in den alten Sprachen weitergeben, um sie auf ein Studium an der Universität bestmöglich vorzubereiten. Allein ihr Name schuf bereits eine klare Abgrenzung zu den kleineren städtischen Schulen, in denen nur Elementarkenntnisse und ein wenig Latein vermittelt wurden.
Einer der Mitbegründer der Großen Stadtschule – Dr. Johannes Oldendorp – unternahm hier auch den ersten Versuch, ein einheitliches Schulwesen in Rostock zu formen. Allerdings gelang es nach seinem Weggang nicht, die Schule und das Lehrkonzept aufrechtzuerhalten. Erst unter der Leitung von Nathan Chyträus (Professor für Poesie) wurde 1580 eine dauerhafte Neugründung der Lehreinrichtung möglich.
Im Laufe ihres Bestehens veränderte sich auch das äußere Erscheinungsbild der Schule mehrfach: 1566 wurden die Klostergebäude und 1831 die Klosterkirche des St. Johannisklosters abgerissen. Der Rostocker Stadtbaumeister Th. H. Klitzing errichtete von 1864 bis 1867 den klassizistischen Neubau. Die drei Stockwerke sind durch Gesimse voneinander getrennt; auf dem Mittelgiebel halten zwei Greifen das Rostocker Stadtwappen. Mit seinen klaren Formen und hellen Farben symbolisiert der Bau die modernen Grundsätze der Bildung.
